Marion Saxer studierte Schulmusik, Musikwissenschaft, Politikwissenschaft, Philosophie und Pädagogik in Mainz und Berlin. Sie promovierte bei Prof. Dr. Helga de la Motte an der TU Berlin mit einer Arbeit über den amerikanischen Komponisten Morton Feldman. Nach vielen Jahren als Dozentin am Konservatorium und an der Universität Mainz, an der Musikakademie in Wiesbaden, an den Musikhochschulen in Köln und Frankfurt, an der Universität für Musik und Darstellende Kunst in Graz und an der MHL, kehrte sie 2013 als Professorin für Historische Musikwissenschaft mit Schwerpunkt Zeitgenössische Musik und Klangkunst an die Goethe Universität nach Frankfurt zurück.

Ihre vielseitige Ausbildung ermöglichte ihr einen fachübergreifenden Zugriff. Auch an der MHL koordinierte sie interdisziplinäre Projekte im Bereich der künstlerischen Forschung, in denen sie das Fach Musikwissenschaft mit der Praxis verband, die ihr als Schulmusikerin und Pädagogin zu eigen war.

Publikationen in großer Bandbreite dokumentieren Saxers übergreifenden Ansatz: Sie schrieb über Neue Musik, Klangkunst und Medienforschung über Werke des 20. und 21. Jahrhunderts, John Cage, Salvatore Sciarrino oder Rolf Riehm, Annesley Black, Michael Reudenbach oder Bernd Thewes, erstellte musikpsychologische und musikpädagogische Studien. Im Januar 2020 konnte Saxer ihr letztes Buch fertigstellen: „Quintendiskurse. Das Quintparallelenverbot in Quellentexten von 1330 bis heute“. Es erscheint im Olms Verlag und ist das letzte Zeugnis einer vielseitigen Forscherin.