An der Spitze der MHL steht das Präsidium, ein fünfköpfiges unabhängiges Gremium, das aus dem Präsidenten, zwei Vizepräsidenten, einer Vizepräsidentin (ab März 2026) und dem Kanzler besteht. Die Präsidiumsmitglieder werden vom Senat gewählt. Sie widmen sich unterschiedlichen Geschäftsbereichen und verantworten als Ganzes alle hochschulrelevanten Belange.
